上海交通大學(xué)藥學(xué)學(xué)科于上世紀(jì)50年代初創(chuàng)建，1984年獲得藥理學(xué)博士學(xué)位授予權(quán)，2010年獲得藥學(xué)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)。藥學(xué)是上海交通大學(xué)“211”和“985”工程的重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科，藥學(xué)一級(jí)學(xué)科下設(shè)有藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、生藥學(xué)、藥物分析學(xué)、微生物與生化藥學(xué)、藥理學(xué)等6個(gè)二級(jí)學(xué)科研究方向。目前學(xué)院有博士生導(dǎo)師約20人，每年招收博士生約15人，并招收與上海醫(yī)藥工業(yè)研究院聯(lián)合培養(yǎng)博士生。

藥學(xué)院目前有碩士研究生導(dǎo)師近70人，涵蓋了藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、生藥學(xué)、藥物分析學(xué)、微生物與生化藥學(xué)、藥理學(xué)等不同二級(jí)學(xué)科研究方向。學(xué)院可招收全日制學(xué)術(shù)碩士、全日制藥學(xué)專(zhuān)業(yè)碩士和非全日制藥學(xué)專(zhuān)業(yè)碩士，每年招生約60人。

藥學(xué)專(zhuān)業(yè)培養(yǎng)具有扎實(shí)的藥學(xué)、醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)理論和專(zhuān)業(yè)知識(shí)及相關(guān)社會(huì)科學(xué)知識(shí)，具有較強(qiáng)的藥學(xué)、醫(yī)學(xué)實(shí)踐和人際交流能力，具有良好的職業(yè)道德和人文素養(yǎng)，具有創(chuàng)新、創(chuàng)業(yè)精神，能夠從事臨床藥學(xué)日常工作、臨床藥理研究、藥品管理、藥物研究與開(kāi)發(fā)、社會(huì)藥房管理、醫(yī)藥營(yíng)銷(xiāo)、藥品檢驗(yàn)、藥事管理等方面工作，融藥學(xué)與醫(yī)學(xué)為一體的復(fù)合型醫(yī)藥學(xué)人才。
課程設(shè)置專(zhuān)業(yè)基礎(chǔ)課程有人體解剖生理學(xué)、分子細(xì)胞生物學(xué)、生物化學(xué)、微生物與免疫學(xué)、物理藥學(xué)、藥用植物學(xué)、藥物結(jié)構(gòu)解析、藥事法規(guī)等；專(zhuān)業(yè)主干課程有藥理學(xué)、藥劑學(xué)、藥物化學(xué)、生藥學(xué)、天然藥物化學(xué)、藥物分析、生物技術(shù)藥物；專(zhuān)業(yè)選修課程有臨床藥學(xué)、化學(xué)制藥工藝學(xué)、生物制藥工藝學(xué)、生物藥劑與藥物動(dòng)力學(xué)、藥用高分子材料、中藥藥劑學(xué)、藥品市場(chǎng)營(yíng)銷(xiāo)、藥學(xué)前沿等。